国家高技术研究发展计划(2011AA100401)
- 作品数：36 被引量：160H指数：9
- 相关作者：唐永凯俞菊华李红霞李建林徐鹏更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院淡水渔业研究中心中国水产科学研究院上海海洋大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划公益性行业(农业)科研专项国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 鲤鱼鸟氨酸脱羧酶基因的序列特征和表达被引量：3
- 2013年
- 鸟氨酸脱羧酶（Ornithine decarboxylase，ODC）活性能够影响机体的多种生物学过程，包括细胞生长、分化、转化和凋亡等。在人类疾病研究中，ODC被作为癌症等疾病治疗的一个靶位点【2】。在养殖业中，ODC是生长密切相关的候选基因，研究报道鸡鸟氨酸脱羧酶基因位于生长QTL区内，该基因启动子上的多态性与生长和躯体框架特征显著相关。
- 俞菊华李红霞唐永凯李建林夏正龙董在杰徐雄峰范中原王志超
- 关键词：鲤鱼鸟氨酸脱羧酶基因序列基因表达
- 建鲤极长链脂酰辅酶A脱氢酶基因cDNA克隆及相关定量表达分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】克隆建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)极长链脂酰辅酶A脱氢酶(VLCAD)基因c DNA序列,并分析其表达情况,为揭示鲤鱼脂肪酸代谢机理提供理论依据。【方法】以建鲤为研究对象,利用RT-PCR、RACE克隆VLCAD基因的c DNA序列,并通过实时荧光定量PCR对VLCAD基因在不同组织、脂肪源及饥饿胁迫等条件下的表达情况进行分析。【结果】扩增获得的建鲤VLCAD基因c DNA序列全长2527 bp,包括296 bp的5'非翻译区、1974 bp开放阅读框(OFR)及257 bp的3'非翻译区,共编码659个氨基酸;建鲤VLCAD氨基酸序列包含FAD结合位点、底物结合位点、催化位点,具有ACADs家族的特征性结构;与鲤科类斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高,达94%。建鲤VLCAD基因在性腺、肌肉、肝脏、前肠、肾脏、心脏和脑中均有表达,且以心脏的表达量最高,前肠的表达量最少。鱼油和亚麻油对建鲤VLCAD基因在肝脏和肌肉中的表达无显著影响(P>0.05),但饥饿状态下肌肉中的VLCAD基因表达量显著高于正常状态(P<0.05)。【结论】建鲤VLCAD基因在富含线粒体且脂肪酸代谢旺盛的组织器官中高效表达,对脂肪酸β氧化起调控作用,尤其在饥饿状态下对脂肪酸氧化调控作用明显增强,能促进脂肪酸分解为机体供能。
- 刘骏恂俞菊华李红霞唐永凯李建林于凡
- 关键词：建鲤脂肪源饥饿胁迫
- 鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建被引量：1
- 2012年
- 通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT 4个模块。分子系统学分析表明鲤CYR61基因与其他物种CYR61基因具有高度同源性,且CYR61 C与其他高等物种的CYR61同源性更高,利用MEGA 5.0计算出CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C的分化时间早于鲤和斑马鱼的物种分化。CYR61 C在13个组织中均有表达,在卵巢中表达最高,肠、脑、鳃次之,在其他组织中表达较低且在心脏中表达最低。CYR61 A在精巢、肠、鳃中表达较高。CYR61 B在精巢和脑中表达最高,肠、肌肉、卵巢次之。实时荧光定量PCR分析CYR61 3个复制在鲤胚胎发育时期的表达,都是在0 h相对表达量最高,显著降低至18 h或24 h,随后逐渐升高并在6 d时下降。
- 孙婷刘伟徐鹏徐鹏
- 关键词：CYR61克隆半定量RT-PCR实时荧光定量PCR基因表达
- 建鲤生长激素促泌素受体1基因的特性及其与增重相关SNP位点的筛选被引量：9
- 2012年
- GHS-R基因在哺乳类为候选的肥胖和生长数量性状位点。本实验使用RT-PCR及PCR的方法,从建鲤(Cyprinus carpio var.jian)分离到2个jlGHS-R1s,称为jlGHS-R1a和jlGHS-R1b(分别简称1a和1b)。jlGHS-R1s的阅读框编码360个氨基酸,两者间相似性高达96%;另外还存在2个jlGHS-R1s的转录变体(分别简称1a'和1b'),选择性切割了翻译起始碱基后第490-680 nt的191 bp片段,该片段两端碱基分别为gt-ag,这种选择性切割导致翻译提前终止,仅翻译184个氨基酸,包括前面3个半跨膜区,这与已报道的罗非鱼等的保留内含子的转录变体不同。jlGHS-R1s的阅读框被1个内含子分隔,该内含子位于第260个氨基酸密码子的第1和第2个碱基之间,1a和1b的内含子长度分别为676 bp和885 bp。使用分段PCR在建鲤群体的1a和1b基因上共找到32个SNP位点,构建PCR-RFLP法对其中9个SNPs进行基因型检测,结果发现各种基因型在322尾建鲤中均有出现,但存在着明显的偏分布。与增重的相关分析表明,位点1a-I_C386T和1b-E1_G159T与雌雄鱼鱼种和成鱼阶段增重分别呈极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)相关,CC型和GG型个体增重最快,另外有5个位点则与其中的某阶段或者某性别的增重相关,为了确定上述所得标记的适用性,选取其中4个标记在另外7个家系共610尾鱼中检测,结果 C386T和G159T还是与增重呈极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)相关,可用于建鲤分子育种。
- 俞菊华李红霞李建林唐永凯董在杰
- 关键词：建鲤
- 碳酸盐碱度胁迫下鲤鱼氨排泄相关基因的差异表达被引量：12
- 2013年
- 鲤鱼(Cyprinus carpio)是我国主要淡水养殖鱼类之一,且具有一定的盐碱耐受性,可以在偏碱水体中存活生长。为了了解其对不同碱度的耐受性,以及在碱胁迫环境下的基因表达变化,以鲤鱼为试验材料,使用一定pH值不同碳酸盐碱度水对其进行胁迫试验。选取鱼类氨排泄相关的候选基因,包括Rhesus血型相关糖蛋白基因(Rhesus blood group-associated glycoprotein,Rh),水通道蛋白基因(Aquaporin,AQP),催乳素基因(Prolactin,PRL),碳酸酐酶基因(Carbonic Anhydrase,CA),Na^+/K^+转运ATP酶基因(Na^+/K^+ transporting ATPase,NKA),钠氢交换体基因(sodium hydrogen exchanger,NHE)采用定量PCR方法检测其在不同碱度下的基因表达情况。结果表明上述基因随着碱度的升高在鳃、肠和肾3个组织中的总体表达水平较淡水对照显著升高,说明鲤鱼在碳酸盐碱胁迫条件下与氨排泄相关基因的表达上调。这些基因具有一定的空间表达差异性,具体结果为:胁迫过程中主要在鳃中表达的基因为AQP3A、PRLRA、NHE7,在肾中表达的基因为PRL,在肠中表达的基因是RHAG、RHBG2、RHCG1。这些基因在碱胁迫环境下的表达变化为解析鱼类体内渗透压调节调控机制具有重要意义。
- 赵兰徐鹏孙效文
- 关键词：基因表达碳酸盐碱度定量PCR
- 利用微卫星标记分析建鲤种质资源的研究被引量：6
- 2012年
- 为了评估和合理利用建鲤种质资源。从建鲤繁育群体中随机选取185尾鱼,用20个微卫星位点进行遗传多样性分析。结果表明:20个微卫星位点在该群体中所检测到的等位基因片段长度在114～316bp,共检测出156个等位基因和402种基因型,各位点等位基因数为5～13个,平均7.8个,基因型数10～44种,平均20.1种;各位点观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.346～0.978和0.619～0.880之间,平均分别为0.6434和0.757;所检测的20个位点多态信息含量(PIC)在0.552～0.868之间,平均为0.7253,都属于高度多态位点(PIC>0.5)。实验结果表明,该建鲤繁育群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体内平均固定系数(FIS)为0.1479,说明该建鲤群体存在杂合子缺失现象。根据个体间的遗传距离构建的聚类图可以清楚地显示每个个体之间的遗传差异,这可为建鲤保种和繁殖配组提供依据,避免近交现象。
- 李建林唐永凯李红霞俞菊华
- 关键词：微卫星标记建鲤种质资源
- 建鲤IGFBP3基因多态性对生长的影响被引量：6
- 2012年
- 胰岛素样生长因子结合蛋白3(insulin-like growth factor binding protein,IGFBP3)是调节动物生长和代谢的重要基因。本实验查找了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)IGFBP3s基因上的SNP位点。使用PCR-RFLP检测了其中5个位点(IGFBP3a-I3_G-253T、IGFBP3b-I2_G30T、IGFBP3b-I3_A-341G、IGFBP3b-E4_C54T、IGFBP3b-E4_C72G)在931尾(485♂,446♀)建鲤中的基因型分布。基因型与增重的相关性分析结果显示,5个位点均与雌性鱼种阶段增重呈极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)相关,增重快个体的基因型分别为TT型、GG型、AG型、CC型和CG型;与雄性鱼种阶段增重显著(P<0.05)相关的只有G30T,其中GG型个体增重显著较TT型快;C72G和A-341G两个位点与雌、雄成鱼增重呈极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)相关,C72G的CG型增重显著快于CC型和GG型个体,A-341G的AG型和GG型雄性个体增重显著(P<0.05)较AA型快,但雌鱼中增重最快个体的基因型为AG型;此外,与雌性成鱼增重相关的位点还有G30T,其GG型和GT型增重显著(P<0.05)快于TT型个体,在雄性成鱼中也是GG型鱼长得较快,只是不显著;G-253T的GT型雄性成鱼增重极显著(P<0.01)快于GG和TT型个体,但在雌鱼中没有这种趋势。在雌雄鱼中均增重快的个体是G30T的GG型、A-341G的AG型和C72G的CG型,可以作为今后分子育种的标记。分析表明随富集标记个数的增多,增重也随之增大,这与数量性状特性相符。
- 魏可鹏俞菊华李红霞李建林唐永凯
- 关键词：建鲤胰岛素样生长因子结合蛋白3单核苷酸多态性增重
- 一种乌鳢与斑鳢线粒体PCR-RFLP鉴定方法
- 2014年
- 为了高效的鉴别乌鳢与斑鳢,采用PCR-RFLP技术,对乌鳢与斑鳢开展分子生物学鉴定方法研究。通过比对乌鳢和斑鳢线粒体全序列,发现1处单核苷酸多态性位点,可以明确区分两个物种。利用1对引物对乌鳢与斑鳢线粒体基因组该区域进行PCR扩增,用限制性内切酶EcoR I分别对扩增产物进行酶切,并用1.5%的琼脂糖凝胶检测酶切结果。PCR-RFLP检测结果显示,斑鳢的PCR扩增产物被EcoR I酶切后生成两个不同大小的片段,分别为315 bp和875 bp,乌鳢则保持不变。由此可将乌鳢与斑鳢在酶切图谱上鉴别出来。
- 董传举张松皓陈坤慈宋迎楠徐鹏孙效文
- 关键词：乌鳢斑鳢线粒体基因组PCR-RFLP
- 鲤神经球蛋白基因序列与低氧表达分析被引量：1
- 2014年
- 为深入了解鲤珠蛋白家族的基因组成和表达模式,及其与低氧适应能力的相关性,本实验通过鲤基因组框架图比对和全长cDNA文库筛查,获得鲤神经球蛋白(neuroglobin,Ngb)基因完整序列,证实鲤不仅具有独特的脑组织特异表达的II型肌红蛋白(myoglobin-2,Mb-2)基因,也具有Ngb珠蛋白基因,实时荧光定量PCR实验显示,该基因在脑组织特异性表达,并呈现出低氧应答特征。基因结构和系统发生分析表明,鱼类Ngb基因高度保守,鲤Ngb蛋白可能与斑马鱼直系同源蛋白具有相似的结构及功能,而与鲤Mb-2存在明显差异。鲤Ngb基因表达量在两个品系间存在显著差异,耐低氧能力强的散鳞镜鲤Ngb基因表达量高于荷包红鲤抗寒品系。研究表明,鲤Ngb基因可能以与Mb-2基因分工协作的方式共同实现脑组织供氧,执行应对低氧胁迫的神经保护功能,在鲤低氧适应中具有重要作用。
- 赵紫霞曹顶臣匡友谊邓海霞张研徐茹李炯棠徐鹏孙效文
- 关键词：低氧适应
- 兴国红鲤ER基因克隆表达及EE2暴露对肝中ER表达的影响被引量：1
- 2017年
- 为评估环境内分泌干扰物对鱼类的影响,研究克隆了兴国红鲤雌激素受体(Estrogen receptor,ER)4种亚型ERα、ERβ、ERβ1、ERβ2的全长c DNA序列,氨基酸序列比对发现兴国红鲤ERs分别与3种鲤科鱼类相应亚型具有较高的同源性。实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测结果表明,4种ER亚型m RNA在雌雄成体组织中呈现差异表达,雌性个体中,肝、卵巢和肠中4种ERs的表达量均较高;在雄性个体中,ERα和ERβ主要在肝中表达,ERβ1、ERβ2分别在肠和精巢中的表达量最高。将150日龄的兴国红鲤幼鱼分别暴露在0.01、0.1和1 nmol/L的17α-乙炔基雌二醇(EE2)中4周,检测了雌性幼鱼肝中4种ER基因的表达变化情况。在EE2中暴露1—2周后,兴国红鲤雌性幼鱼肝中ERα基因的表达水平有极显著的提升;各浓度EE2能持续显著促进其肝中ERβ的表达;在1—2周内各浓度EE2对ERβ1表达有所抑制;第1周EE2能够抑制ERβ2基因m RNA的表达,并在0.01 nmol/L时抑制作用达到了显著的水平。上述研究结果表明,EE2暴露能诱导或抑制兴国红鲤雌性幼鱼肝中ER亚型的表达,相对于ERβ、ERβ1和ERβ2、ERα可作为EE2短期(1—2周)敏感性生物学标记。
- 宋明月单喜双陈细华岳华梅叶欢杨晓鸽李创举
- 关键词：雌激素受体兴国红鲤实时荧光定量PCR
