张菁晶
- 作品数：6 被引量：29H指数：2
- 供职机构：武汉大学更多>>
- 发文基金：创新研究群体科学基金长江学者和创新团队发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 全基因组目标基因家族成员的自动化快速检测系统
- 本发明公开了一种全基因组目标基因家庭成员的自动化快速检测系统，该系统包括：(1)数据下载模块a，下载和收集全基因组序列；(2)去冗余序列模块b，将得到的数据过滤掉冗余序列；(3)序列格式化模块c，将去掉冗余序列的数据库格...
- 张菁晶李阳生
- 文献传递
- 全基因组目标基因家族成员的自动化快速检测系统
- 本发明公开了一种全基因组目标基因家庭成员的自动化快速检测系统，该系统包括：(1)数据下载模块a，下载和收集全基因组序列；(2)去冗余序列模块b，将得到的数据过滤掉冗余序列；(3)序列格式化模块c，将去掉冗余序列的数据库格...
- 张菁晶李阳生
- 文献传递
- RNA干扰途径中相关蛋白的全基因组搜索和分析
- 在引起基因沉默的RNA干扰途径中,起到重要作用的蛋白主要可分为四类:其中有RNAi 发生起始阶段的Dicer酶,其他的是Argonaute-like,Drosha-like和RdRP-like蛋白家族。这四类蛋白都非常保...
- 张菁晶李阳生
- 关键词：DICERARGONAUTEDROSHARDRP基因预测PERL
- 文献传递
- RNA干扰途径中相关蛋白的全基因组搜索和分析
- 张菁晶
- 关键词：RNA干扰DICERARGONAUTEDROSHAPERL
- 不同遗传背景下水稻剑叶形态性状的QTL分析被引量：27
- 2007年
- 以典型的籼粳交窄叶青8号/京系17的加倍单倍体(DH)群体和籼籼交珍汕97/明恢63的重组自交系(RIL)群体为材料,并应用这两种群体已构建的分子图谱,对剑叶形态性状中的叶面积、周长、叶长、叶宽、长宽比等进行了QTL分析。在这两个群体中,剑叶的这些形态性状均呈连续性分布,存在一定数量的超亲分离。在DH群体中,4个剑叶性状共检测到8个QTL,分布在4条染色体上,其中第4、8染色体上各有1个QTL同时影响了叶长、叶周长和面积。在RIL群体中,5个剑叶性状共检测到16个QTL,分布在5条染色体上。其中第1染色体上有1个QTL同时影响叶长、叶周长、长宽比3个性状,第6染色体上有2个影响叶面积的QTL同时也影响叶宽,还有1个QTL同时影响叶长、叶周长2个性状,第11染色体上有1个QTL同时影响叶长、叶周长、叶面积3个性状。研究表明,不同群体的QTL初级定位结果存在较大差异,影响叶片相关性状的一些QTL位于同一染色体的相同或者相邻区域上。
- 彭茂民杨国华张菁晶安保光李阳生
- 关键词：剑叶形态性状加倍单倍体群体重组自交系群体数量性状位点
- 全基因组预测目标基因的新方法及其应用被引量：2
- 2006年
- 运用隐马尔可夫模型,利用Perl编程,以几种模式生物的蛋白质数据库为基础,构建了目标基因的全基因组预测的新方法。该方法具有高通量,准确度高且操作简易等优点,特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势。应用该方法对几种模式生物的全基因组PPR和TPR蛋白家族进行了预测,其中粳稻日本晴中含有536个PPR蛋白、199个TPR蛋白;籼稻9311中含有519个PPR蛋白、177个TPR蛋白;拟南芥中含有735个PPR蛋白、292个TPR蛋白;红藻中6个PPR蛋白、32个TPR蛋白;蓝细菌以及古细菌中没有PPR蛋白,但蓝细菌含有10个TPR蛋白,古细菌有4个TPR蛋白,并对所得结果进行了进一步生物信息学分析。
- 张菁晶冯晶朱英国李阳生
- 关键词：基因预测PERLHMM全基因组PPRTPR
